Tez Arşivi

Tez aramanızı kolaylaştıracak arama motoru. Yazar, danışman, başlık ve özete göre tezleri arayabilirsiniz.


Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü

A mathematical modeling and approximation of gene expression patterns by linear and quadratic regulatory relations and analysis of gene networks

Gene motiflerinin doğrusal ve ikinci derece düzenleyici ilişkilerle matematiksel modellenmesi ve motiflere yaklaşılması ve genlerin oluşturduğu ağ yapılarının analizi

Teze Git (tez.yok.gov.tr)

Bu tezin tam metni bu sitede bulunmamaktadır. Teze erişmek için tıklayın. Eğer tez bulunamazsa, YÖK Tez Merkezi tarama bölümünde 153120 tez numarasıyla arayabilirsiniz.

Özet:

ABSTRACT A MATHEMATICAL MODELING AND APPROXIMATION OF GENE EXPRESSION PATTERNS BY LINEAR AND QUADRATIC REGULATORY RELATIONS AND ANALYSIS OF GENE NETWORKS Fatma Bilge Yılmaz M.Sc, Department of Scientific Computing Supervisor: Prof. Dr. Gerhard- Wilhelm Weber August 2004, 86 pages This thesis mainly concerns modeling, approximation and inference of gene regu latory dynamics on the basis of gene expression patterns. The dynamical behavior of gene expressions is represented by a system of ordinary differential equations. We introduce a gene-interaction matrix with some nonlinear entries, in particular, quadratic polynomials of the expression levels to keep the system solvable. The model parameters are determined by using optimization. Then, we provide the time-discrete approximation of our time-continuous model. We analyze the approx imating model under the aspect of stability. Finally, from the considered models we derive gene regulatory networks, discuss their qualitative features of the networks and provide a basis for analyzing networks with nonlinear connections. Keywords: Gene Expression, Gene Regulation, Mathematical Modeling, Gene Net work, Inference, Optimization, Dynamical Systems. IV

Summary:

oz gene motiflerinin doğrusal ve ikinci derece düzenleyici ilişkilerle matematiksel modellenmesı ve motiflere yaklaşılması ve genlerin oluşturduğu ağ yapılarının analizi Fatma Bilge Yılmaz Yüksek Lisans, Bilimsel Hesaplama Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Gerhard- Wilhelm Weber Ağustos 2004, 86 sayfa Bu tez esas olarak, gen motiflerini baz alarak, gen düzenleyici dinamiğinin mo- dellenmesi, sistemi belirleyen denklemlere yaklaşılması ve onun hakkında çıkarımda bulunulması hakkındadır. Gen motiflerinin dinamik davranışları olağan differen- siyel denklemlerle gösterilir. Sistemi çözülebilir tutmak için, bazı doğrusal olmayan alanlara sahip gen etkileşim matrisleri kullanılır, bu alanlar özel olarak gen seviyeler ine bağımlı ikinci derece polinomlardır. Model parametrelerini optimizasyon kulla narak buluruz. Daha sonra, kesintisiz zamanda evrilen modelimiz için kesintili za manda evrilen bir yaklaşım sağlarız. Kesintili zamanda evrilen modelimizi kararlılık yönünü göz önüne alarak inceleriz. Son olarak, önceden gehştirilmiş modellerle gen düzenleyici ağlarını elde eder, bu ağların nitel özelliklerini tartışır ve doğrusal ol mayan bağlantıları olan gen ağlarının incelenmesine esas bilgiler veririz. Anahtar Kelimeler: Gen Motifleri, Gen Düzenlemesi, Gen Ağ Yapıları, Mate matiksel Modelleme, Çıkarım, Optimizasyon, Dinamik Sistemler.