Tez Arşivi

Tez aramanızı kolaylaştıracak arama motoru. Yazar, danışman, başlık ve özete göre tezleri arayabilirsiniz.


Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Enformatik Enstitüsü / Sağlık Bilişimi Anabilim Dalı

A multiplex primer design algorithm for target amplification of continuous genomic regions

Kesiksiz genomik bölgelerin hedef çoğaltması için multipleks primer tasarım algoritması

Teze Git (tez.yok.gov.tr)

Bu tezin tam metni bu sitede bulunmamaktadır. Teze erişmek için tıklayın. Eğer tez bulunamazsa, YÖK Tez Merkezi tarama bölümünde 441755 tez numarasıyla arayabilirsiniz.

Özet:

Targeted Next Generation Sequencing (NGS) assays are cost-efficient and reliable alternatives to Sanger sequencing. For sequencing of very large set of genes, the target enrichment approach is suitable. However, for smaller genomic regions, the target amplification method is more efficient than both the target enrichment method and Sanger sequencing. The major difficulty of the target amplification method is the preparation of amplicons, regarding required time, equipment, and labor. Multiplex PCR (MPCR) is a good solution for the mentioned problems. However, finding compatible multiplex pairs is an example of a clique decision problem in graph theory and it's NP-complete by nature. We propose a novel method to design MPCR primers for a continuous genomic region, following the best practices of clinically reliable PCR design processes. On an experimental setup with 48 different combinations of factors, we have shown that multiple parameters might effect finding the first feasible solution. Increasing the length of the initial primer candidate selection sequence gives better results, whereas waiting for a longer time to find the first feasible solution does not have a significant impact. We generated MPCR primer design for the MEFV whole gene; and, our benchmarking experiments show that the proposed MPCR approach is able to produce reliable NGS assay primers for a given sequence in a reasonable amount of time.

Summary:

Hedeflenmiş Yeni Nesil Sekanslama (YNS) testleri Sanger sekanslamaya göre maliyetetkin ve güvenilir alternatiflerdir. Hedef zenginleştirme yaklaşımı çok sayıda gen kümeleri için uygundur. Ancak, daha küçük bölgeler için hedef çoğaltma yöntemleri hedef zenginleştirme ve Sanger sekanslamaya göre daha etkindir. Hedef çoğaltma yönteminin en büyük zorluğu ise gerekli zaman, ekipman ve işgücü göz önüne alındığında amplikonların çoğaltılmaya hazır hale getirilmesidir. Multipleks PCR (MPCR) bahsi geçen problem için iyi bir çözüm oluşturmaktadır. Ancak uygun multipleks çiftlerin bulunması bir klik kararı problemidir ve doğası gereği NP-tam'dır. Bu çalışmada kesiksiz genomik bölgeler için MPCR primerleri tasarlayan yeni bir yöntem öne sürülmektedir ve klinik açıdan güvenilir PCR tasarımı iyi uygulamaları benimsenmiştir. Birçok faktörün 48 farklı kombinasyonuyla oluşturulan deneysel organizasyon ile farklı parametrelerin ilk makul çözümün bulunmasını etkilediği gösterilmiştir. İlk primer adayı seçme bölgesinin uzunluğunun arttırılmasının daha iyi sonuçlar verdiği, ancak aynı şartlarda daha uzun süre beklemenin ilk makul çözümü bulma açısından anlamlı bir etkisinin olmadığı görülmüştir. MEFV tüm geni için MPCR primer tasarımı gerçekleştirilmiş ve değerlendirme deneylerimize dayanarak, öne sürülen MPCR yaklaşımının makul bir zaman dilimi içerisinde verilen bir sekans için güvenilir YNS test primerleri üretebildiği gösterilmiştir.