Tez Arşivi

Hakkımızda

Tez aramanızı kolaylaştıracak arama motoru. Yazar, danışman, başlık ve özete göre tezleri arayabilirsiniz.


İstanbul Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Fizik Anabilim Dalı / Atom ve Molekül Fiziği Bilim Dalı

Pirimidin ve aminopirimidin moleküllerinin serbest halde ve kompleks yapıdaki titreşim frekanslarının hesaplanması

The Calculations of the vibrational frequencies of free and coordinated pyrimidine and aminopyrimidine molecules

Teze Git (tez.yok.gov.tr)

Bu tezin tam metni bu sitede bulunmamaktadır. Teze erişmek için tıklayın. Eğer tez bulunamazsa, YÖK Tez Merkezi tarama bölümünde 130854 tez numarasıyla arayabilirsiniz.

Özet:

ÖZET PRİMİDİN VE AMİNOPRİMIDİN MOLEKÜLLERİNİN SERBEST HALDE VE KOMPLEKS YAPIDAKİ TİTREŞİM FREKANSLARININ HESAPLANMASI Bu çalışmanın amacı primidin, 2- ve 4-aminoprimidin moleküllerinin temel titreşim mod ve frekanslarını saptamak ve geçiş metal(II) iyonları ile oluşturdukları kompleks yapıların sonucu olarak, kuvvet alanlarında ve titreşim dalgasayılarındaki değişimleri incelemektir. Moleküllerin geometrik parametreleri, HF, MP2, DFT/B3PW91 ve DFT/B3LYP teori düzeylerindeki çeşitli ab initio metotlar ve 6-31++G(d,p) baz seti kullanılarak gerçekleştirilen geometri optimizasyonu hesaplamaları ile belirlendi. İncelenen moleküllerin harmonik titreşimsel dagasayılan ve şiddetleri karşılaştırılmalı olarak, iki farklı metod ile hesaplandı : 1) Gaussian98 paket programı kullanılarak, DFT/B3LYP teori düzeyinde ab initio metod ve 6-3 1++G(d,p) baz seti ile, 2) LEV ("Light Elucidations of Vibrations" ) program paketi kullanılarak, kuvvet sabiti iyileştirme metodu ile. Ab initio hesaplamalarında, primidin, 2- ve 4-aminoprimidin moleküllerinin titreşim modlarının potansiyel enerji dağılımları REDONG programı kullanılarak hesaplandı. Modların yaklaşık tanımlamaları atomik yer değiştirmelerle birlikte PED analizi yapılarak gerçekleştirildi. Serbest moleküllerin optimize edilmiş geometrik parametrelerinin ve titreşimsel dalgasayılarının belirlenmesinden sonra, aynı hesaplamalar koordinasyon durumundaki moleküller için tekrarlandı. Primidin veya aminoprimidin moleküllerinin, Cd(II), Zn(II) ve Ni(II) iyonları ile oluşturdukları tek dişli metal-ligand kompleksleri için, kuvvet sabiti iyileştirme metodu ve ab initio DFT/B3LYP metodu kullanılarak, titreşimsel frekans hesaplamaları yapıldı. Bu hesaplama sonuçlan serbest molekül için saptanan sonuçlarla karşılaştırılarak, primidin ve ammoprimidin moleküüerinin kompleks yapı oluşumlarına bağlı olarak kuvvet alanlarının ve temel titreşim frekanslarının değişimleri tartışıldı. xn

Summary:

SUMMARY THE CALCULATIONS OF THE VIBRATIONAL FREQUENCIES OF FREE AND COORDINATED PYRIMIDINE AND AMEVOPYRTMTOINE MOLECULES The aim of this study is to define the vibrational modes and fundamental frequencies of pyrimidine, 2- and 4-aminopyrimidine molecules, and to investigate the alterations of the force fields and vibrational wavenumbers upon complex formations with transition metal (II) ions. The geometrical parameters of the molecules were defined by geometry optimization calculations, using several ab initio methods at HF, MP2, DFT/B3PW91 and DFT/B3LYP levels of theory with 6-31++G(d,p) basis set. The calculations have been carried out using the Gaussian98 program packed. The harmonic vibrational wavenumbers and intensities of the molecules investigated, were calculated by using two different methods comparatively: 1) The ab initio method at DFT / B3LYP level of theory with 6-3 1++G(d,p) basis set, by using Gaussian98 program packed, 2) force field refinement method, by using the LEV (Light Elucidations of Vibrations) program packed. In the case of ab initio calculations, the potential energy distributions (PED) of the vibrational modes of the pyrimidine, 2- and 4-aminopyrimidine molecules, were calculated by using REDONG program. The approximate description of modes was established based by analysis of PED together with the atomic displacements. After obtaining the optimized geometrical parameters and vibrational wavenumbers of the free molecules, the calculations were repeated for coordinated molecules. The vibrational frequency calculations for monodentate metal-ligand complexes of Cd(D), Zn(H), Ni(II) ions with pyrimidine or ammopyrimidine molecules were done by using the force field refinement method and the ab initio DFT/B3LYP method. These calculation results were compared with the results obtained for the free molecules and so the alterations of the force fields and fundamental frequencies of pyrimidine and animopyrimidine molecules upon complex formations were discussed. xni